Windows10 Homeのpcですが、色々ありまして、Anniversary Update(OSバージョン 1607)を入れた後に初期化しました。
その後の設定をメモとして置いておきます。

ちなみに、pcを初期状態に戻すには

Windows-I > 更新とセキュリティ > 回復 > この pc を初期状態に戻す

  • 個人用ファイルを保持する
  • すべて削除する

どちらかを選択すれば始まります。
データを残しておきたかったので、個人用ファイルを保持するを選択しました。
数十分ほど経ってから、Anniversary Updateが適用された状態で、インストールしたソフトや、レジストリなどは綺麗になりました。
OS再インストールの代わりにお世話になると思います。

非常に長いです。

設定

Windows-I

システム

ディスプレイ

ディスプレイの詳細設定

色の設定 > 色の管理 > 詳細設定 > windows 色システムの規定値 > デバイス プロファイル
自分のpcモニタのプロファイルを予め入れて置いて設定

関連設定

ClearType テキスト
ClearType設定をする

テキストやその他の項目のサイズ調整
項目のサイズの変更 > テキスト サイズのみを変更する
9 > 11に変更

  • タイトル バー
  • メニュー
  • メッセージボックス
  • パレット タイトル
  • アイコン
  • ヒント

アプリと機能

ここからアプリを削除できますが、お世話になっている GeekUninstallerでも、表示 > Windows Store Apps を選択するとアプリを削除できるので、そちらを使いました。
アンインストール後に、残っている残骸も高速スキャンして削除出来ます。再起動かかるときは仕方ないですが。
表記は、GeekUninsallerに合わせました。

削除

  • 3D Builder
  • Alarms & Clock
  • Calendar
  • Camera
  • Candy Crush Soda Saga
  • Drawboard PDF
  • FarmVille 2 : Country Escape
  • Get Office
  • Get Startes
  • Groove Music
  • Maps
  • Messaging
  • Microsoft Solitaire Collection
  • Movies & TV
  • Netflix
  • News
  • OneNote
  • Paid Wi-Fi & Cellular
  • Phone
  • People
  • Photos
  • Skype Preview
  • Sticky Notes
  • Voice Recorder
  • Weather
  • Xbox
  • Xbox Identity Provider
  • アスファルト8 : Airborne
  • テレBing

通知とアクション

クイックアクション

クイック アクションの追加または削除

オフに

  • ネットワーク
  • 表示
  • VPN
  • ノート
  • 位置情報
  • 機内モード
  • タブレット モード

電源とスリープ

スリープ > 1時間

関連設定 > 電源の追加設定 > 電源ボタンの動作を選択する > 現在利用可能ではない設定を変更します
シャットダウン設定
高速スタートアップを有効にする (推奨) > オフ

高速スタートアップのデメリット

  • pc終了が遅くなる
  • pc終了したときと、pc起動したときのpc構成が違うと、不具合が起こる可能性がある

オフライン マップ

マップの更新
地図を自動的に更新する > オフ

マルチタスク

スナップ
ウィンドウを画面の横または隅にドラッグしたときに自動的に整列する > オフ

デバイス

Bluetooth

Bluetooth デバイスの管理 > その他の Bluetooth オプション > Bluetooth 設定
Bluetooth アイコンを通知領域に表示する > オフ

マウスとタッチパッド

マウス
一度にスクロールする行数 > 6

関連設定 > その他のマウスオプション >マウスのプロパティ > ポインター オプション
速度 > 左端から6目盛り

個人用設定

色

タイトルバーに色を表示する > オン

色を付けることで少し微妙な見た目になる気がしますが、アクティブなウィンドウが分かりやすくなります。
適用されないものもありますが。

ロック画面

サインイン画面にロック画面の背景画像を表示する > オフ

スタート

オフに

  • ときどきスタート画面におすすめを表示する
  • よく使われるアプリを表示する
  • 最近追加したアプリを表示する
  • スタート画面またはタスク バーのジャンプ リストに最近開いた項目を表示する

各種ランチャを使用しているので、殆ど使わないため。

タスク バー

オンに

  • タスクバーをロックする
  • デスクトップ モードでタスク バーを自動的に隠す
  • 「スタート」ボタンを右クリックするか Windows キー ＋ X - キーを押したときに表示されるメニューで、コマンド プロンプトを Windows PowerShell に置き換える

オフに

タスク バーの端にある 「デスクトップの表示」ボタンにマウス カーソルを置いたときに、プレビューを使用してデスクトップをプレビューする

通知領域 > システム アイコンのオン/オフの切り替え

オフに

  • 入力インジケーター
  • 位置情報
  • タッチ キーボード
  • Windows Ink ワークスペース

簡単操作

ナレーター

ナレーター > オフ

オフにしても、Windows-Enterで発動するので注意。少し待ってから、再度同じショートカットで無効に。

プライバシー

全般

プライバシーオプションの変更

オフに

  • アプリ間のエクスペリエンスのために、アプリで自分の広告識別子を使うことを許可する
  • SmatScreenフィルターをオンにして Windows ストア アプリが使う Webコンテンツ(URL)を確認する
  • 入力に関する情報を Mircrosoft に送信して、タイピングと手描きの今後の改善に役立てる
  • Web サイトが言語リストにアクセスできるようにして、地域に適したコンテンツを表示する
  • 他のデバイス上のアプリを開くことを許可し、このデバイスでのエクスペリエンスを続行する
  • 他のデバイス上のアプリで Bluetoothe を使用してアプリを開くことを許可し、このデバイスでのエクスペリエンスを続行する

位置情報

このデバイスの位置情報はオンです > 変更 > このデバイスの位置情報 > オフ

カメラ

アプリがカメラを使うことを許可する > オフ

マイク

アプリがマイクを使うことを許可する > オフ

アカウント情報

自分の名前、画像、その他のアカウント情報にアプリがアクセスすることを許可する > オフ

連絡先

アプリが連絡先にアクセスすることを許可する > オフ

カレンダー

アプリがカレンダーにアクセスすることを許可する > オフ

通話履歴

アプリが通話履歴にアクセスすることを許可する > オフ

メール

アクセスしてメールを送信することを許可する > オフ

メッセージング

アプリがメッセージ (SMS または MMS) の読み取りや送信を行うことを許可する > オフ

無線

アプリが無線を制御することを許可する > オフ

他のデバイス

デバイスとの同期 > オフ

フィードバックと診断

フィードバックの間隔 > しない
診断データと使用状況データ > 拡張

拡張ではなく基本にすると、一部の設定は組織によって管理されていますという表示が出て、一部の設定が変更できなくなる

バック グラウンド アプリ

アプリのバックグラウンド実行を許可する

オフに

  • Microsoft Edge
  • サポートに問い合わせる
  • ストア
  • フィードバック Hub
  • 接続
  • 設定
  • 電卓

更新とセキュリティ

Windows Update

更新プログラムの設定 > 詳細オプション > 更新プログラムのインストール方法を選ぶ > 更新プログラムの提供方法を選ぶ
複数の場所から更新する > オフ

開発者向け

開発者向け機能を使う

エクスプローラー

オンに

  • ファイル拡張子を表示するように設定を変更します
  • タイトル バーに完全なパスを表示するように設定を変更します
  • 空のドライブを表示するように設定を変更します

リモートデスクトップ

オフに

  • このコンピューターへのリモート接続を許可するように設定を変更します
  • pc が電源接続時にスリープにならないように、設定を変更します

PowerShell

署名せずに実行するローカル PowerShell スクリプトを許可するように、実行ポリシーを変更します。リモート スクリプトには署名が必要です > オン

デフラグ無効化

Windows-E > 各ドライブ右クリック > プロパティ > ツール > ドライブの最適化とデフラグ > 最適化
スケジュールされた最適化 > 設定の変更
スケジュールに従って実行する(推奨) > オフ

コントロールパネル

Windows-X,P

エクスプローラーのオプション

全般

エクスプローラーで開く: > pc

プライバシー

最近使ったファイルをクイック アクセスに表示する > オフ
よく使うフォルダーをクイック アクセスに表示する > オフ

コンピュータの簡単操作センター

コンピューターを見やすくします

ハイコントラスト
左 Alt + 左 Shift + PrintScreen キーでハイ コントラストを切り替えます > オフ

キーボードを使いやすくします

固定キー機能を有効にします > 固定キー機能の設定

キーボードショートカット
Shiftキーを 5回押すと固定キー機能を有効にします > オフ

オプション
Ctrl、Alt、Shift、Windows ロゴ キーを2回続けて押すとそのキーをロックします > オフ
2つのキーを同時に押すと固定キー機能を無効にします > オフ

フィードバック
Ctrl、Alt、Shift、Windows ロゴ キーが押されたときに音を鳴らします > オフ
固定キー機能のアイコンをタスク バーに表示します > オフ

切り替えキー機能を有効にします
NUM LOCK キーを5秒間押し続けることで切替えキーの機能を有効にします > オフ

フィルター キー機能を有効にします > フィルター キー機能の設定
右シフト キーが8秒間押された時にフィルター キーを有効にします > オフ

システム

システムの詳細設定

パフォーマンス > 設定 > 視覚効果

オフにする

  • Windows 内のアニメーション コントロールと要素
  • ウィンドウを最大化や最小化するときにアニメーションで表示する
  • コンボ ボックスをスライドして開く
  • タスク バーでアニメーションを表示する
  • タスク バーの縮小版のプレビューを保存する
  • ヒントをフェードまたはスライドして表示する
  • マウス ポインターの下に影を表示する
  • メニューをフェードまたはスライドして表示する
  • メニュー項目をクリック後にフェード アウトする
  • リスト ボックスを滑らかにスクロールする
  • 半透明の [選択] ツールを表示する

セキュリティとメンテナンス

メンテナンス

自動メンテナンス > メンテナンス設定の変更 > 自動メンテナンス
スケジュールされたメンテナンスによるコンピュータのスリープ解除を許可する > オフ

Windowsの自動メンテナンスを止める方法②｜Sound@Cinema
自動メンテナンスを止めてしまう方法もありますが、地道にタスクを一つづつ止めていく作業なので面倒です。

上記だけだと足りないみたいなので、.NET Frameworkの全てを無効に。
WindowsUpdateの、Aytinatuc App updateも無効にしてみました。

Windowsスマートチューニング(440) Win 10編: 自動メンテナンス機能を手動でスタート/ストップする | マイナビニュース

2つ目はレジストリを弄りますが、確実に止められます。
ただし、Windows Updateをした後やいつの間にかに、レジストリで変更したところが勝手に戻ることがあるのでご注意下さい。

ユーザーアカウント制御設定の変更

コンピューターに対する変更の通知を受け取るタイミングの選択 > 通知しない

Windows10でUACを完全に無効にする - シュレ猫のぶろぐ
完全に無効にするとストアアプリが使えなくなるみたい。

Windows SmartScreen 設定の変更

認識されないアプリをどのように処理しますか? > 何もしない (Windows SmartScreen を無効にする)

アンチウイルスですぐスキャンしているので被るし、実行ファイルとアプリに関する情報が送信される為。

デバイス マネージャー

それぞれのデバイスを右クリック >ドライバー ソフトウェアの更新

更新したら動かなかったということにならないように、念のため、バックアップを取っておくと良いかも。
すべて更新したら、pcの起動時間が少し早くなりました。

ドライバーを元に戻す

デバイスを右クリック > プロパティ > ドライバー
ドライバーを元に戻す

トラブルシューティング

設定の変更

他の設定
起動時にトラブルシューティングが自動的に開始されるようにする > オフ

プログラムと機能

Windows の機能の有効化または無効化

メディア機能 > Windows Media Player > オフ

使わないので。

ペンとタッチ

フリック

フリックを使用してよく実行する操作を素早く簡単に行う > オフ

回復

システムの復元の構成

保護設定
ローカル ディスク (C:) (システム) > 有効

アップデートの時は無効になっていたので確認を。

管理ツール

タスク スケジューラ

タスクスケジューラ ライブラリ

無効に

  • Adobe Flash Player Updater
  • AMD Updater
  • DropboxUpdateTaskMachineCore
  • DropboxUpdateTaskMachineUA
  • GoogleUpdateTaskMachineUA

無効に

Microsoft > Windows

AppID > SmartScreenSpecific

Application Experience

  • Microsoft Compatibility Appraiser
  • ProgramDataUpdater

Autochk > Proxy

Customer Experience Improvement Program > Consolidator

Diagnosis > Scheduled

DiskDiagnostic > Microsoft-Windows-DiskDiagnosticDataCollector

Shell

  • FamilySafetyMonitor
  • FamilySafetyMonitorToastTask
  • FamilySafetyRefreshTask
  • IndexerAutomaticMaitenance

Windows Defender

  • MP Scheduled Scan
  • MpIdleTask

Microsoft > XblgameSave

  • XblgameSaveTask
  • XblgameSaveTaskLogon

タスク スケジューラの設定はおすすめしません。

個人用設定

デスクトップ アイコンの変更

デスクトップ アイコン
ごみ箱 > オフ

デスクトップには何も置きたくない派。

デフォルトだと、ファイルやフォルダの削除確認メッセージは非表示なので、表示したい時は、上記を実行する前に
デスクトップ > ごみ箱右クリック
削除の確認メッセージを表示する > オン

タスク バー

タスク バー右クリック > Cortana(検索)
表示しない

使わないので。

タスクバーからピン留めを外す

タスクバーで外したいものを右クリック > タスクバーからピン留めを外す

  • Microsoft Edge
  • エクスプローラー
  • ストア

殆ど使わないし、スタート画面にもあるので。

Contanaオフに

スタート > Contana

オフに

  • 履歴表示
  • デバイスの履歴
  • オンラインで検索し、Web検索結果を含める

ナレーターを完全に無効化

うっとうしいWindowsの「ナレーター」を完全に無効化する方法 | TeraDas－テラダス
いつの間にか有効になっていて困ることが多かったので、止めました。

右クリックメニューカスタマイズ

右クリックメニュー改

右クリックメニュー改

互換モードで管理者で動かす

右クリックメニュー改.exeを右クリック > プロパティ > 互換性

互換モード
互換モードでこのプログラムを実行する > オン > Windows8かWindows7に変更

設定
管理者としてこのプログラムを実行する > オン

コマンドウィンドウをここで開く はエラーになるので、選択しない。

基本項目オフに

  • プログラムから開く
  • 共有
  • ライブラリに追加
  • 送る
  • タスクバーに表示する
  • パスとしてコピー
  • 新しいプロセスで開く
  • 別のユーザーとして実行
  • 互換性のトラブルシューティング
  • デスクトップの背景として設定

デスクトップの背景として設定は、上手く動いていない気がしましたが適用できました。　　
後で紹介する方法でも無効に出来るので、好きな方法でどうぞ。

新規作成の個別項目オフに

  • ライブラリ
  • ショートカット
  • 連絡先
  • Journalドキュメント
  • ビットマップイメージ
  • 圧縮(zip形式)フォルダー

無効化したのに再び表示された

Windows Update適用などで再び表示されたら、表示されたものを有効にして適用した後に、再び無効にする。

Windows10で関係ない項目は、オン/オフどちらでもいい模様です。

Easy Context menu

Easy Context menu

コマンドプロンプトをここで開く をオフに

オフに

  • デスクトップ コンテキストメニュー
  • ドライブ コンテキストメニュー
  • フォルダ コンテキストメニュー

ShellExView

ShellExView

右クリックメニューの使わない項目を削除。

無効に

Play To menu
デバイス キャスト

Previous Versions Property Page
以前のバージョンの復元

ReflectShellExt Class
Macrium Reflect > Create a Macrium Image of this partition

SimpleShlExt Class
Radeon 設定

TeraCopyのアイコン
TeraCopy
New folder with selection

Windows Photo Viewer Image Verbs
右に回転
左に回転

ShellMenuNew

ShellMenuNew

右クリックメニュー > 新規作成メニューを削除

無効に

.rtf
新規作成 > リッチテキストドキュメント

3D Builderによる3D印刷 を無効に

Windowsスマートチューニング (407) Win 10編: ＜3D Builderによる3D印刷＞を取り除く | マイナビニュース

レジストリを弄るので、念の為、バックアップをしておくといいです。

OS標準だと操作がしにくいので、Registry Finder使っています。日本語言語ファイルは少し古いですが使えます。
タブなどが使えて便利です。
また、レジストリ操作をして、適用させる為にエクスプローラーを再起動することが多いですが、少し面倒なので、Explorer Rebootをランチャなどに登録しておくと便利です。

デスクトップの背景として設定 を無効に

Windowsスマートチューニング (232) Win 8編: ＜デスクトップの背景として設定＞を削除する | マイナビニュース

Windows8編ですが、Windows10でも動いています。
レジストリファイルが用意してあるので、適用するのは楽だと思います。

使わないサービスを止める

Windows 10 で不要なサービスを停止してセキュリティ向上、軽量化
参考にします。

無効に

  • ActiveX Installer (AxInstSV)
  • AMD External Events Utility
  • Computer Browser
  • Distributed Transaction Coordinator
  • Fax
  • Geolocation Service
  • Microsoft iSCSI Initiator Service
  • Netlogon
  • Remote Desktop Configuration
  • Remote Desktop Services
  • Remote Desktop Services UserMode Port Redirector
  • Remote Registry
  • SNMP Trap
  • TCP/IP NetBIOS Helper
  • UPnP Device Host
  • WebClient
  • Windows Search
  • WMI Performance Adapter
  • WMPNetworkSvc
  • Work Folders
  • 市販デモ サービス

手動に

  • Delivery Optimization
  • Distributed Link Tracking Client
  • Downloaded Maps Manager
  • Macrium Reflect Image Mounting Services
  • Windows Biometric Services
  • Workstation

スタート画面を整理

スタート画面からピン留めを外す

外したいものを右クリック > スタート画面からピン留めを外す

  • Minecraft: Windows 10 Edition Beta
  • Age of Empires Castle Siege

ストア右クリック

サイズ変更 > 横長 > 中
その他 > ライブ タイルをオフにする

不必要なスタート画面のアプリのリンクを削除

C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programsに移動して、個別に削除。
出てこないものは、スタート画面 > すべてのアプリ > 各アプリを右クリック > ファイルの場所を開く > 個別に削除する。

ネット回線速度調整

受信ウィンドウ自動チューニング レベルの変更

Windows PowerShell(管理者)実行。
Windows-I > 個人用設定 > タスク バーで、コマンド プロンプトを Windows PowerShellに置き換えているなら、Windows-X,A
コマンド プロンプトを管理者起動でもいいとは思いますが。

1
netsh interface tcp set global autotuninglevel=highlyrestricted

設定を確認するには

1
netsh int tcp show global

環境次第で速度が変わらないこともあるので、両方の速度測定をして調べてみるといいと思います。
normalに戻すときは、highlyrestrictedの部分をnormalにする。

ストア、アプリへのログイン時だけMicrosoftアカウント

  1. スタートメニューからストアを起動
  2. 検索窓の隣にあるユーザーアイコンをクリック
  3. 表示されるメニューからサインイン
  4. Microsoftアカウントを選択し、サインイン
  5. Microsoft アカウントを使ってこのデバイスにサインインしますか?というダイアログが出てきたら、パスワードを入力しないで、入力欄の下の、このアプリにのみサインインするをクリック

出来るだけ、Microsoftアカウントにサインインしたくない方用です。
Windowsの設定の同期などの機能は使えなくなりますが、1台だけならあまり問題ないかなと。セキュリティ的にはどうなのかは分かりませんが。

まとめ

pcを初期状態に戻すのは楽でいいですね。その後の設定が面倒ですが、お世話になりそうな予感。
前よりは少し改善しましたが、設定を変えたくても、設定とコントロールパネルに別れているので、探すだけでも大変です。

追記

2016-09-18
右クリックメニューカスタマイズを修正。
その他、一部修正。

2016-11-27
デスクトップの背景として設定を無効のリンクを追加。

2018-01-16
Windowsの自動メンテナンスを止めるにリンク追加。